Hastanemizin kuruluşu Bakanlar Kurulu’nun 2001/3216 sayılı kararı ile 24.10.2001 tarihinde kararlaştırılmıştır. Hastanemiz yönetmeliği ise, 11 Aralık 2002 tarih ve 24960 sayılı resmi gazetede yayınlanarak yürürlüğe girmiştir.

Hastanemiz inşaatına dönem devlet başkanı tarafından 1984 yılında temeli atılmak suretiyle başlanmıştır. Başlangıçta ihaleyi alan firma, 10 yıllık dönemde (1994 yılına kadar) inşaatın yüzde 17 civarında bir kısmını gerçekleştirilmiştir ve bu firmanın işi bırakmasıyla ikmal inşaatı ikinci bir firmaya verilmiş ve bu firmada 2009 yılına kadar kalan yüzde 83’lük kısmını gerçekleştirmiştir.

Hastanemize 6 Eylül 2002 tarihinde Prof. Dr. M.İ. Safa Kapıcıoğlu YÖK Genel Kurul Kararıyla kurucu Dekan olarak atanmıştır. Ocak 2004 Tarihinden Prof. Dr. M. İ. Safa Kapıcıoğlu’nun istifasıyla boşalan Dekan kadrosuna Prof. Dr. M. Kemal Gündüz getirilmiş, Yardımcısı ise, Doç. Dr. A. Kağan Karabulut olmuştur. Doç Dr. A. Kağan Karabulut, daha sonra kurucu başhekim olarak görevlendirilmiştir. Mayıs 2008 tarihinde Dekanlık, Başhekimlik ve Başmüdürlük birimlerinin geçici olarak iskan edildiği bugünkü Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokuluna Binasından işlerin daha rahat takibi düşüncesiyle inşaatı devam etmekte olan Hastane Binası İdari kısmına taşınılmıştır.

Hastanemiz Şubat 2009’da 6 adet ameliyathane salonu hizmete açılmış ve 2 hasta katında hasta alımına başlanmıştır. Hastanemizin resmi açılışı 17 Aralık 2010 tarihinde dönemin Başbakanı Sayın Recep Tayyip Erdoğan, bakanlar ve milletvekillerimizin katılımıyla gerçekleştirilmiştir. 25 yıllık rüyanın hasta kabulüne başlamasıyla gerçekleştiği hastanemiz, 130.000 metrekarelik kapalı, 160.000 metrekarelik açık alan ve 22 adet ameliyathane salonu olmak üzere 934 yatak kapasitesine sahiptir.

Cumhurbaşkanımız Sayın Recep Tayyip Erdoğan’nın Aralık 2015 tarihinde Prof. Dr. Mustafa Şahin’i Selçuk Üniversitesi Rektörü olarak atamasının ardından Rektör Yardımcılığına, Prof. Dr. Abdullah Topcuoğlu,Prof.Dr.Hüseyin Kara ve Prof. Dr. Mehmet Okka getirilmiştir. Ocak 2016 tarihinde Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Başhekimliğine aynı fakültenin Öğretim Üyesi Prof.Dr.Hüseyin Yılmaz getirilirken, Yardımcıları ise, Prof.Dr.Mustafa Koplay,Doç.Dr.Hüsamettin Vatansev, Prof.Dr. İnci Kara ve Prof.Dr.İlhan Çiftçi olmuştur.